Markøren bruker Merkle-trær - for enhver endring tar det O(log(n)) båndbredde for å finne hvor klienten/serveren er uenig. I likhet med blomsterfiltre er et Merkle-tre en datastruktur der hver bladnode lagrer hashen til en datablokk, og hver forelder lagrer hashen til barna sine. > Hver fil får en hash, basert på innholdet. Bladene på treet er filer. > Hver mappe får en hash, basert på hashen til barna